O clima do deserto de Kalahari tem variação na temperatura ao longo do dia (dias quentes e noites frias) e também entre as diferentes estações do ano. É uma região semiárida com escassez de chuvas na sua maior parte, o que faz com que o clima seja seco. Porém em algumas partes do deserto ocorrem chuvas irregulares com aproximadamente 250 mm de precipitação. Isto faz com que alguns especialistas geógrafos não considerem o deserto de Kalahari como um deserto típico ou verdadeiro, onde o clima é árido e extremamente seco. O Kalahari possui vasta área coberta por areia avermelhada sem afloramento de água em caráter permanente e possui grandes reservas minerais de carvão, cobre, níquel e urânio.